Sie wurde in Japan geboren und begann mit drei Jahren, Klavier zu spielen. Ihre Leistungen an der Ueno Highschool of Music in Tokyo wurden mit einem Schulstipendium gewürdigt. Hinzu kamen zahlreiche Preise.

Im September 2020 nahm sie ihr Klavierstudium an der Hochschule für Musik Carl Maria von Weber in Dresden bei Prof. Gunther Anger als Lehrer im Fach Klavier und bei Prof. Andreas Hecker im Fach Korrepetition auf. Im Frühjahr 2023 wurde ihr für die Saison 2023/24 das Deutschlandstipendium zugesprochen.

Bisher hatte Shiho Fujimoto Unterricht bei Prof. Lilya Zillberstein, Prof. Elisabeth Leonskaja und Prof. Yukio Yokoyama und studiert seit Kurzem an der Hochschule für Musik Hanns Eisler Berlin.